APIs und Standards
GA4GH-Oberflächen auf Ferrum und ga4gh-infra mit HelixTest-Hinweisen aus dem veröffentlichten öffentlichen Bericht. Synaptic-Four-APIs, die keine GA4GH-Standards sind, stehen separat.
HelixTest und grüne Health-Checks sind technische Signale. Sie sind keine GA4GH-Zertifizierung, Empfehlung oder klinische Bestätigung.
GA4GH-APIs auf diesem Host
| API | Version / Profil | service-info / Einstieg | Auth | HelixTest (veröffentlicht) |
|---|---|---|---|---|
| DRS | 1.x | ferrum/ga4gh/drs/v1/service-info (rohe API-Antwort) | Passport / Bearer für Mutationen und die meisten Objekt-Reads | Fixture-Objekt-IDs oft 404 auf Contabo-Seed; Auth-Pfade brauchen Bearer |
| Beacon | v2 | ferrum/ga4gh/beacon/v2/service-info (rohe API-Antwort) | Anonyme service-info; Abfragen können eingeschränkt sein | service-info OK; Known-Variant-Fixture passt evtl. nicht zum Contabo-Index |
| htsget | 1.x | ferrum/ga4gh/htsget/v1/service-info (rohe API-Antwort) | Passport / Bearer für Mutationen und die meisten Objekt-Reads | Braucht Contabo-Objekt-IDs (nicht HelixTest-Defaults) |
| WES | 1.0 | ferrum/ga4gh/wes/v1/service-info (rohe API-Antwort) | service-info offen; Mutationen über Execution-Gate + Passport | Mutationen brauchen Bearer; Leiter erwartet offenes POST |
| TES | 1.x | ferrum/ga4gh/tes/v1/service-info (rohe API-Antwort) | service-info offen; Mutationen über Execution-Gate + Passport | Mutationen brauchen Bearer; Leiter erwartet offenes POST |
| TRS | 2.x | ferrum/ga4gh/trs/v2/service-info (rohe API-Antwort) | Öffentlicher Read in dieser Demo | TRS-Liste/Versionen OK auf Contabo |
| Service Registry | 1.x | registry/services (rohe API-Antwort) | Öffentlicher Read in dieser Demo | Über Directory / Service-Liste abgedeckt |
| AAI Broker | OIDC / Passport | broker/service-info (rohe API-Antwort) | OIDC / Passport-Issuer | Broker service-info; Auth-Modul kann ohne HMAC-Fixture überspringen |
HelixTest-Konformitätsseite · Roher aktueller HelixTest-Bericht (rohe API-Antwort)
Synaptic-Four- und Suite-APIs
Diese Endpunkte gehören zum Demo-Stack, sind aber keine GA4GH-Standard-APIs.
| API | Basispfad | Hinweise |
|---|---|---|
| Solum (über site-api BFF) | /site-api/clinical/… | Consent, FHIR Patient, Subject-Link; Steward/Clinician/Auditor-Passports |
| Access Decision Service | /site-api/access/… und ADS DAC | Playground Sekundärnutzung apply / approve / reject |
| Execution-Gate | /execution/v1/… · /ga4gh/wes|tes (Mutationen) | Nur allowlistetes checksum/bcftools; NetworkMode=none |
| HELIOS-Berichte | /execution-reports/ · HELIOS-Dashboard-Proxy | Ed25519-signiertes JSON; RO-Crate/PDF nicht auf diesem BFF |
| Site-BFF | /site-api/auth/… | Session-Cookie nach Broker-Login; CSRF bei Mutationen |
| DUO-Dienst | /duo/ | Proxied Suite-Dienst |
| Agreement-Registry | /agreements/ | GET-only öffentlicher Proxy |
| Sample Resource | /sample/ | Clearinghouse / Passport-Consumer-Demo |